Puslitbang Lektur dan Khazanah Keagamaan semula bernama Puslitbang Lektur Keagamaan, salah satu unit kerja di bawah Badan Penelitian dan Pengembangan Agama yang dibentuk berdasarkan Keputusan Presiden RI No. 45 tahun 1974 tentang Pokok-pokok Organisasi Departemen, dan dijabarkan melalui Keputusan Menteri Agama (KMA) No. 18 tahun 1975 (yang disempurnakan). Pada mulanya, lembaga ini disebut Puslitbang Lektur Agama, sebagai kelanjutan dari unit kerja yang sebelumnya yang telah ada yaitu Lembaga Lektur Keagamaan, ditetapkan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama No. B.III/2-0/7413, tanggal 1-12-1971. Lembaga ini dipimpin oleh B. Hamdani Ali, MA., M.Ed. Salah satu tugas pokoknya yaitu meneliti lektur keagamaan, mentashih dan memberikan izin menerbitkan lektur agama. Perkembangan selanjutnya, berdasarkan KMA No. 10 tahun 2010, nomenklatur Puslitbang Lektur Keagamaan berubah menjadi Puslitbang Lektur dan Khazanah Keagamaan yang berada di bawah Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama.
Sesuai dengan Renstra Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama RI 2010-2014, Puslitbang Lektur dan Khazanah Keagamaan mempunyai program strategis, yaitu: a) Tersedianya data dan informasi, rumusan rekomendasi, pokok pikiran pengembangan, dan bahan/draft kebijakan berbasis hasil penelitian bidang lektur dan khazanah keagamaan dalam rangka mendukung perumusan kebijakan pimpinan dan unit-unit tekhnis Kementerian Agama; b) Meningkatnya pemanfaatan produk-produk penelitian dan pengembangan bidang lektur dan khazanah keagamaan dalam perumusan kebijakan pimpinan dan unit-unit teknis Kementerian Agama; c) Meningkatnya komunikasi, sosialisasi dan publikasi hasil-hasil penelitian dan pengembangan kepada stake holders dan masyarakat secara umum; d) Meningkatnya pemberdayaan jaringan dan kerjasama penelitian dan pengembangan bidang lektur dan khazanah keagamaan; e) Meningkatnya kualitas tenaga peneliti bidang lektur dan khazanah keagamaan berdasarkan spesifikasi akademik dan bidang tugasnya; f) Tersalurkannya beasiswa dan bantuan belajar bagi peneliti bidang lektur dan khazanah keagamaan; g) Tersedianya dukungan administrasi dalam penyelenggaraan penelitian dan pengembangan lektur dan khazanah keagamaan. Enter