Dalam penelitiannya, Willem van der Molen menemukan tiga sumber manuskrip Kunjarakarna dari Jawa versi prosa. Ketiga manuskrip disebut dengan A, H dan K. A tersimpan di Perpustakaan Universitas Leiden dengan nama codex LOr 2266, dan berupa naskah nipah bertuliskan tinta dengan jumla lempir 53 berukuran 30 x 3,5 cm.
H adalah naskah lontar, tersimpan dalam Museum Nasional di Jakarta dengan nomor 187. Setelah autopsy tahun 1976 sekarang hanya dapat dibaca dari microfilm. Naskah mempunyai 36 lempir dengan teks yang ditulis dengan pisau penulis. Menurut Cohen Stuart, panjangnya 47,5 cm. Ada Salinan dari naskah ini dalam tulisan Jawa Baru, disimpan dalam koleksi naskah Museum Nasional dengan nomor CS 160 Dari Salinan tersebut disalin kembali dan dimiliki Profesor Teeuw di Leiden.
K juga disimpan dalam koleksi naskah Museum Nasional di Jakarta sebagai naskah lontar 53. Keterangan pada autopsy tahun 1976 dari naskah ini dikutip dari katalog. Jumlah lempirnya 39 dengan teks yang digoreskan. Menurut Cohen Stuart, jumlah lempirnya 47. Ukuran panjang yang diberikan antara 47 sampai 49 cm. Menurut Poerbatcaraka naskah panjangnya 43 cm dengan lebar 3,5 cm. Naskah K terbagi dalam dua bagian, teks Kunjarakarna dan fragmen dari teks yang tidak dikenal. Fragmen tersebut mengisi tiga halaman lebih. Meskipun bagian dari kodeks K, bila dilihat tidak menyatu dengan naskah K sebagai buku tulisan tangan, ukuran dan warna lempir serta bentuk aksara berbeda.
Inventarisasi Naskah
Metode penelitian filologi ada beberapa macam tahapan. Tahapan yang pertama ialah pengumpulan data yang berupa inventarisasi naskah. Pengumpulan data dilakukan dengan studi katalog dan studi lapangan (Djamaris, 2002: 10). Studi pustaka dilakukan dengan membaca dan memahami katalog naskah yang terdapat di museum, kraton maupun perpustakaan. Dengan membaca dan memahami katalog, dapat dicari, dicermati, dan ditentukan naskah yang dikehendaki untuk digarap, karena di dalam katalog tertera gambaran umum naskah mengenai jumlah naskah, tempat dimana naskah disimpan, nomor naskah, ukuran naskah, tempat dan tanggal penyalinan naskah, dan sebagainya.
Beberapa katalog naskah Jawa di antaranya Katalog Naskah Vreede, Katalog Juynboll, Katalog Brandes, Katalog Naskah Poerbatjaraka, Katalog Pigeaud, Katalog Ricklefs-Voorhoeve, dan Katalog Girarded-Soetanto (Suyami, 1996: 221). Dari beberapa katalog di atas akan memudahkan peneliti dalam menentukan naskah yang diinginkan, karena dalam katalog juga dikelompokkan menurut jenis naskah, seperti jenis piwulang, sejarah, maupun agama.
Pengumpulan data yang kedua, yaitu studi lapangan. Studi lapangan, yaitu dilakukan dengan melihat secara langsung terhadap naskah yang akan dijadikan sumber data penelitian. Studi lapangan dilakukan di museum-museum, perpustakaan, dan perorangan sebagai penyimpan/kolektor naskah. Setelah melakukan inventarisasi naskah melalui studi katalog maupun studi lapangan, selanjutnya mendeskripsikan naskah dan teks yang dipilih sebagai sumber data penelitian.
Dalam penelitian Willem van der Molen, inventarisasi naskah dilakukan berdasarkan studi katalog Museum Nasional Jakarta dan Perpustakaan Universitas Leiden, dipilihlah naskah Kunjarakarnasebagai sumber data penelitian. Setelah naskah yang akan diteliti sudah dipilih berdasarkan studi katalog, selanjutnya melakukan pengamatan langsung di lokasi. Setelah melakukan pengamatan naskah yang diteliti secara langsung dan sudah melihat kondisi naskah, maka ditetapkan naskah Kunjarakarnasebagai sumber data penelitian.
